martes, 26 de febrero de 2013

Mis resultados del Genographic Project

Hoy me ha pasado un compañero un artículo muy bueno que explica la genética, herencia, genotipos, fenotipos, etc. con Game of Thrones. Esto me sirve también de introducción a otra noticia genética que he recibido hoy... los resultado del Genographic Project. Llevaba ya muchos años siguiendo el proyecto  y estas navidades me encontré con el kit de extracción de ADN de regalo. Tiene esta pinta:



Contiene dos raspadores, los tubos de envío para conservar el ADN, instrucciones, un sobre de envío, material divulgativo del proyecto y una contraseña para ver tus resultados en la web.

Hay que decir que hace poco el proyecto pasó a una nueva fase con nueva tecnología desarrollada por el propio proyecto y la secuenciación y análisis de la línea materna y paterna en la misma muestra, además de miles de SNP (polimorfismos de un solo nucleótido) para hacer comparaciones con poblaciones.

Así pues, después de dos meses y pasar los pasos de secuenciación, análisis y calidad, los resultados son los siguientes. El Genographic project te permite exportar tus resultados de forma pública de la siguiente forma (hacer click para ver más grande):


Sin embargo, en la página del proyecto dan más información, sobre todo de las lineas maternas y paternas. Por un lado mi linea materna, obtenida por medio del ADN mitocondrial heredado 100% de mi madre es el siguiente:

Pertenezco al haplotipo U8b1 con la siguiente ruta migratoria:


En la actualidad este haplogrupo se reparte geograficamente de la siguiente manera (cuanto más rojo, más cercanos a la madre de la madre de la madre... de mi madre):



Sin embargo, mi haplotipo paterno, extraído del cromosoma Y, es aún más interesante (I-F2642):



Como veis, este haplotipo no tiene representación en el sur de España, que es de donde viene la rama genealógica cercana de mi padre, al menos en las 3 generaciones a las que he podido tener conocimiento.

Esto con respecto a las lineas maternas y paternas. Pero este proyecto también utiliza miles de mutaciones de un solo nucleótido características de poblaciones humanas para determinar tu similitud con unas u otras. En primer lugar aparece como referencia la población alemana, y en segundo la ibérica, con sus correspondientes mezclas mediterráneas, europeas y asiáticas. 

Como habéis visto, también ha sacado que soy 2.9% neanderthal (y un 0.4% residual denisovan, seguramente por la relación denisovan-neanderthal, más que por hibridación directa). 

De momento, esto es lo que puedo decir... Tengo pendiente cuando tenga tiempo (seguramente en verano, después de los exámenes), bajarme los datos de mi análisis genético y meterlos en otras herramientas que hay gratuitas para hacer mis propios análisis con diferentes poblaciones, a ver qué sale. 

11 comentarios:

  1. hola, ¿es toda la información que ofrecen los resultados o hay más datos?
    Gracias por compartir

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    1. Hola,

      En rasgos generales, sí. La captura que saco de los mapas no tiene la descripción de cada una de las poblaciones que dan. Es bastante extensa e interesante.

      También es muy interesante la propia información de la rama a la que perteneces, ya que esto te premite buscarla en otos sitios y obtener más información.

      Para finalizar, te puedes descargar tu análisis genético y jugar con él. Hay herramientas para hacer tus propios análisis y comparativas con poblaciones. Si tengo tiempo, en verano me pondré a trastear con eso y puede que haga algún tutorial.

      Un saludo!

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    2. Gracias, sería interesante que pudiéramos ver tus resultados completos para poder valorar si realmente merece la pena.

      Saludos.

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  2. Qué interesante, ya me iba yo a pedir el kit cuando ví que cuesta 200 dlls y que ni siquiera hay envío a México...

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    1. Más o menos es esto lo que te dan. Además de poder descargarte tus propios datos de los SNP con los que poder jugar tu por tu cuenta... aunque para eso aún no he tenido tiempo.

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  3. Este comentario ha sido eliminado por el autor.

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    1. Me alegra que mi entrada haya llevado a algúń sitio :) Como dices, es un tema apasionante y complicado a la vez. Seguramente mi rama paterna haya llegado a la península con las migraciones visigodas. La que no está tan clara es la materna, de la que no hay mucha información. Es posible que esa si que sea un vestigio de las poblaciones autóctonas pre-neolíticas, pero falta mucha información sobre esa rama en concreto.

      Un saludo y espero poder escribir más cuando tenga más tiempo.

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  4. He visto algo similar (https://www.23andme.com) y tendria que ver si hay alguna diferencia aparte del precio. ¿Llegaste a pagar aduanas?

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  5. Hola David, muy interesante el post. Yo estoy por enviar mi kit, pero en Correos me dicen que no lo puedo enviar como paquete sin un teléfono de contacto del destinatario, quería preguntarte si lo enviaste por Correos o con otra empresa y si fue como paquete o carta, para orientarme. Muchas gracias.

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  6. Unas preguntas sobre el proceso: ¿qué hay de los gastos de envío de retorno de las muestras? ¿adónde es el envío desde España, a USA? ¿hay que hacer algún papeleo especial por ser muestras de ADN? ¿sale muy caro?

    ¡Muchas gracias!

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  7. No sale mucho más caro que mandarlo certificado por correos (también podrías madarlo por Seur, MRW...), unos 5 euros. Se envía desde España a USA y no hay que hacer ningún papeleo...
    Mi opinión es que está bien si te gusta la Historia y los movimientos de poblaciones en la Prehistoria, pero si quieres que te den información más precisa de tus antepasados, la información que te dan es bastante vaga y general. Por ejemplo, y para el caso de España se dice que el grupo mayoritario es el de el sur de Europa y nos compara con poblaciones de Italia, Grecia...Pero no da mucha más información ni precisión de este extremo.
    Por cierto, para David de Torres, tus grupos son realmente extraños para España, tus padres son de otro país? El de padre en España es el 1b el mayoritario y el de madre ya varía algo, creo que el H1 es el mayoritario...
    En fin que hay gran complejidad en la península Ibérica desde la Prehistoria, pero a la vez somos una de las poblaciones que menos ha cambiado en la Historia, a pesar de las diferentes invasiones y demás.

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